양도소득에 대한 세액의 계산(2)

결정세액의 계산 - 원칙

양도소득산출세액에서 감면세액을 공제하여 양도소득결정세액을 계산하게 된다(소득세법 제93조 제2호).
동일 과세연도에 2개 이상의 자산이 양도되거나 2회 이상의 자산양도가 있는 경우에 그 양도소득세는 각 양도자산이나 양도횟수별로 계산하여 부과되는 것이 아니라 모든 양도자산에 대하여 하나의 양도소득세액을 산출하여 부과되므로 토지와 그 지상건물을 동시에 양도함에 있어서 양도차익과 양도차손이 각각 발생하였다면 위 토지와 건물의 양도로 인한 양도소득금액은 그 양도차익에서 양도차손을 공제한 금액이 된다. 
한편, 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 경우에 있어서도 헌법상의 실질적 조세법률주의 또는 과잉금지의 원칙상 그에 기초하여 산출한 세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘을 수는 없다고 함이 대법원의 확립된 판례이다. 

세액의 감면

양도소득금액에 소득세법 또는 그 이외의 법률에서 규정하는 감면소득이 있는 때에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다(소득세법 제90조).

면제세액 = 양도소득산출세액 × 감면소득금액/양도소득금액  

현행 소득세법에는 양도소득세액의 감면에 관한 규정이 없고, 조세특례제한법에 여러 가지 정책적 목적에 따라 양도소득세 감면에 관한 많은 규정을 두고 있다.
위 각 감면규정은 어느 것이나 그 실체적 요건에 관한 내용과 함께 감면신청절차에 관하여 규정하면서 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하는 경우에 한하여 감면규정을 적용한다거나 감면신청을 하여야 한다는 취지의 규정을 두고 있다. 이러한 절차적 요건은 신청의 주체, 신청기한, 신청방법 등에 있어서 적법하게 감면을 받기 위한 효력요건이라 할 것이다.
 
총결정세액의 계산

양도소득결정세액에 가산세를 가산하여 양도소득 총결정세액을 계산하게 된다(소득세법 제93조 제3호). 가산세에는 신고불성실가산세와 납부불성실가산세, 기장불성실가산세가 있다. 

관련판례 : 대법원 1998. 9. 22. 선고 98두8827 판결

대법원은 『기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 경우에 있어서도 헌법상의 실질적 조세법률주의 또는 과잉금지의 원칙상 그에 기초하여 산출한 세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘을 수는 없고, 이 경우 기준시가에 의한 양도차익에 기초하여 산정한 세액이 그 실지 양도차익의 범위를 넘는다는 과세장해사유는 납세의무자가 입증하여야 한다. 동일 과세연도에 2개 이상의 자산이 양도되거나 2회 이상의 자산양도가 있는 경우에 있어서 그 양도소득세는 각 양도자산이나 양도횟수별로 계산하여 부과되는 것이 아니라 모든 양도자산에 대하여 하나의 양도소득세액을 산출하여 부과하여야 한다는 법리에 비추어 볼 때, 개개 자산의 양도차익 산정기준에 따라 양도차익이나 양도차손을 별개로 산정한 다음 이를 정산하여 단일한 세액을 산출하고 그 세액과 각각의 자산에 대한 실지거래가액에 의한 양도차익 또는 양도차손을 산정하여 이를 정산한 금액과 비교하여 그 세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘는지 여부를 판단하여야 한다』고 판시했다.
『동시에 양도된 자산 중 일부에 대한 실지거래가액이 입증되지 않는 경우에는 나머지 자산에 대한 실지거래가액이 입증된다고 하더라도 양도자산 전체로서 정산한 실지양도차익을 산정할 수 없게 되어 결과적으로 양도소득세액과 실지거래가액에 의한 양도차익을 비교할 수 없는 경우에 해당한다』고 판단했다.
 
이와 같이 동일 과세연도에 2개 이상의 자산이 양도되거나 2회 이상의 자산양도가 있는 경우에 있어서도 개개 자산의 양도차익 산정기준에 따라 양도차익이나 양도차손을 별개로 산정한 다음 이를 정산하여 단일한 세액을 산출하고 그 세액과 각각의 자산에 대한 실지거래가액에 의한 양도차익 또는 양도차손을 산정하여 이를 정산한 금액과를 비교하여 그 세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘는지 여부를 판단하여야 한다는 점을 유의하여야 한다.